Tuy nhiên, cục diện đó lập tức bị phá vỡ. Nước Ngụy của Thác Bạt Khuê nhanh chóng lớn mạnh, cất quân Nam tiến, đánh Hậu Yên. Quân Yên không chống nổi, Thái tử Mộ Dung Bảo liên tục thua trận. Mộ Dung Thùy phải tự tay cầm quân tạm đẩy lui được quân Nguỵ, nhưng không lâu sau thì già yếu mà mất (396).Kể từ đó, Hậu Yên suy yếu, con Mộ Dung Thùy là Mộ Dung Bảo (355-398) nối ngôi, đế hiệu là Huệ Mẫn Đế. Vì hạ lệnh kiểm soát hộ khẩu nên bị phần tử thượng tầng tộc Tiên Ti và tộc Hán phản kháng. Mộ Dung Bảo lên ngôi trong cảnh ngoại xâm nội loạn. Tháng 3/397, một người em là Mộ Dung Lân làm phản. Quân Ngụy lại Nam tiến, lấy đất Hậu Yên như tằm ăn lá dâu. Vùng Hà Nam, Hà Bắc bị quân Ngụy chiếm, công phá Kinh đô Trung Sơn. Mộ Dung Bảo phải tháo chạy lên phương Bắc đến Long Thành (Triêu Dương, Liêu Ninh) rồi lập đô ở đó, sai Khai Phong Công Mộ Dung Tường giữ Trung Sơn. Đến tháng 4/398, Mộ Dung Bảo bị Thượng thư Lan Hãn nổi loạn giết chết.